\chapter{Introducción}

	\section{Introducción y Motivación}

La bioinformática es una disciplina dedicada al análisis de elementos biológicos utilizando la informática como herramienta principal para generar simulaciones, probar teorías, o realizar cálculos mas complejos. En particular unas de las áreas estudiadas son la virología e infectología las cuales estudian la acción de un virus o infección en un organismo y cómo pueden ser aplicados ciertos fármacos para su tratamiento. Para este trabajo se abocará al tratamiento de pacientes VIH positivos proporcionando un sistema informático que simule la acción de antirretrovirales ante las distintas formas que posee el virus en cuestión.
En la actualidad es de escasa existencia este tipo de software para fines de libre utilización, siendo los mas avanzados y complejos propiedad de grandes centros de investigación extranjeros y compañías farmacéuticas.
Como resultado de varios meses de trabajo se obtuvo \textbf{A.S.O} (Antiviral Sequence Optimizer), un sistema altamente parametrizable y muy abarcativo para el estudio de terapias antirretrovirales para personas infectadas con VIH y que se podría convertir en una herramienta de soporte para los profesionales del área. Este sistema sigue el esquema de Medicina Personalizada y se desarrolla sobre la base de un trabajo previo \emph{"Heterogeneidad en la distancia genética a resistencia en secuencias del HIV en pacientes vírgenes de tratamiento"} desarrollado por Gutson Daniel(FUDEPAN), Dario Dilernia(CNRS), Sanchez Eduardo(Fu.De.P.A.N), Gomez Carrillo Manuel(CNRS), Malbrán Francisco (Fu.De.P.A.N)y Rabinovich Roberto D.(CNRS).\cite{GDS09}


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	\section{Usuarios del Sistema}
Este sistema esta orientado principalmente, a profesionales del área de tratamiento de pacientes con VIH y de forma secundaria a desarrolladores informáticos con conocimientos en el área de la bioinformática y la virología. Podemos entonces, definir tres tipos de usuarios a quienes se destina el sistema:

\begin{enumerate}
\item Usuario Final o Aplicativo (UF): es el virólogo o profesional médico que utiliza el sistema para elaborar las terapias y aplicarlas en un paciente. Se limita al uso general de interacción con el sistema.
\item Usuario desarrollador de Plugins (UDP): definimos a este como el usuario que posea conocimientos en bioinformática, biología y programación y que se limita a desarrollar el funcionamiento del plugin.
\item Usuario desarrollador del Framework (UDF): este es un usuario mas avanzado cuya función es la de extender el framework. Se requieren conocimientos mucho más profundos en programación y técnicas computacionales.
\end{enumerate}

\section{Estructura del Documento}
A continuación se listan los capítulos que siguen a esta introducción y un breve texto descriptivo para cada uno de ellos.
	\begin{itemize}
	\item Capítulo 2: Breve introducción de los conceptos utilizados a lo largo del trabajo, como ser conceptos biológicos y bioinformáticos, así como un panorama de la enfermedad del VIH.
	\item Capítulo 3: Presentación del problema, descripción de los métodos actuales para determinar terapias y problemas asociados. 
	\item Capítulo 4: Conceptos preliminares de diseño que se utilizaron para el desarrollo del sistema.
	\item Capítulo 5: Diseño del sistema, decisiones de diseño y evolución del diseño desde los inicios del proceso de desarrollo hasta su terminación.
	\item Capítulo 6: Comprende a las clases y algoritmos utilizados para representar a los antirretrovirales.
	\item Capítulo 7: Algoritmos de generación para el espacio de búsqueda y fundamentos de las distintas alternativas.
	\item Capítulo 8: Algoritmos para combinar Antivirales y fundamentos de las distintas alternativas.
	\item Capítulo 9: Generación de terapias y resultado de la ejecución.
	\item Capítulo 10: Plugin, funcionalidad e interacción con el framework.
	\item Capítulo 11: Base de datos, formato y posibilidades de ampliación.
	\item Capítulo 12: Interfaz gráfica, descripción y funcionalidad.
	\item Capítulo 13: Conclusión del trabajo y trabajos futuros.
	\item Capítulo 14: Apéndice con definiciones y otros recursos. 
	\item Capítulo 15: Bibliografía utilizada.
	\end{itemize}	
	
	
